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新技術(shù)提升單分子DNA測(cè)序水平

發(fā)布時(shí)間:2024-6-26來源:青島市科學(xué)技術(shù)局點(diǎn)擊:返回列表

科技日?qǐng)?bào)北京6月6日電 (記者張夢(mèng)然)美國格拉德斯通研究所團(tuán)隊(duì)開發(fā)了兩種新的單分子分析工具,可將所需的DNA量減少90%至95%。該研究成果發(fā)表在最新一期《自然·遺傳學(xué)》雜志上,展示了這些工具如何幫助科學(xué)家解決他們以前無法回答的生物學(xué)問題。
單分子分析的黃金標(biāo)準(zhǔn)方法通常需要至少150000個(gè)人類細(xì)胞,其中包含數(shù)百萬個(gè)單個(gè)DNA分子。這意味著研究人員在只有幾千個(gè)細(xì)胞可用時(shí),根本無法應(yīng)用這些工具。
團(tuán)隊(duì)此次開發(fā)的新工具被稱為“單分子實(shí)時(shí)標(biāo)記測(cè)序”(以下簡稱SMRT-Tag),它可同時(shí)繪制長DNA片段中的堿基序列,以及DNA長度上稱為甲基的化學(xué)結(jié)構(gòu)位置。甲基在基因表達(dá)中起著關(guān)鍵作用,人們想要了解疾病,就需要了解它們?cè)贒NA上的配置方式。
團(tuán)隊(duì)采用了全新“標(biāo)記”方法,即利用細(xì)菌蛋白Tn5將DNA分子切割成更易于處理的片段,并用進(jìn)一步分析所需的化學(xué)成分對(duì)其進(jìn)行“標(biāo)記”。研究面臨的挑戰(zhàn)是要讓“標(biāo)記”能恰到好處地將少量DNA分解成約3000個(gè)到5000個(gè)堿基對(duì)的長片段。他們用發(fā)夾狀結(jié)構(gòu)“標(biāo)記”每個(gè)片段的末端,形成便于測(cè)序儀讀取的長DNA環(huán)。
研究證明,SMRT-Tag方法的性能與此前方法一樣好,但使用的DNA量要少得多,相當(dāng)于在10000個(gè)細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)的DNA量。
接下來,團(tuán)隊(duì)將SMRT-Tag與他們之前開發(fā)的名為SAMOSA方法結(jié)合起來。SAMOSA可揭示基因表達(dá)機(jī)制如何輕松訪問不同DNA片段。為了證明全新的“SAMOSA-Tag”工具的能力,他們將其應(yīng)用于前列腺癌細(xì)胞(一些來自患者的初始腫瘤,一些來自已擴(kuò)散到身體不同位置的腫瘤),這些細(xì)胞已被移植并在小鼠體內(nèi)生長。該方法成功揭示了染色質(zhì)可及性差異,這暗示了癌癥轉(zhuǎn)移的可能關(guān)鍵驅(qū)動(dòng)因素。
【總編輯圈點(diǎn)】
近年來,科學(xué)家借助能以單分子分辨率研究人體DNA的技術(shù),極大地增進(jìn)了對(duì)人類基因組、微生物組和疾病遺傳基礎(chǔ)的了解。通過如此詳細(xì)的DNA視圖,人們可看到早期測(cè)序技術(shù)無法檢測(cè)到的遺傳變異和結(jié)構(gòu)細(xì)節(jié),也可以對(duì)此前“無法下手”的少量樣本深入分析。這一升級(jí)到新水平的老技術(shù),正在成為人類治療疾病、改善健康的利器。

  

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